<テクニカルレポート>
RNA二次構造予測における塩基対数最大化アルゴリズムの高速化の検討

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概要 RNA 配列の解析においては,文字列としての単純な並びよりも,塩基対の相互作用による二次構造が重要視さ れている.本稿では,RNA の二次構造予測の最も基本的なアルゴリズムとして,Nussinov らによる塩基対数最大化 アルゴリズムに着目し,高速化の検討を行っている.このアルゴリズムで行われる計算のうち,単純な並列化が適用 できない部分について,事前の計算結果から省略できる場合が判別できることを...示している.そして,アルゴリズム の高速化へ向けての,この手法の具体的な適用について検討している.
In analysis of the RNA array, the secondary structure based on the base pair is attached to importance from the simple structure as a string. In this paper, the maximal-pairing algorithm by Nussinov et. al and a speedup method for it are considered as a basis of secondary structure prediction for RNA. In this algorithm, there exist a calculation which a straightforward parallelism is not applicable. This paper shows the method to distinguish from a prior calculation result the case that the calculation can be omitted. Moreover, an application of our method to speedup the algorithm is discussed concretely.
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登録日 2009.04.22
更新日 2017.03.21