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フラグメント分子軌道（FMO）法に基づいた量子化学計算を、数万～数 10 万プロセッサを用いた超並列計算機で効率よく動作するソースコード作成を目的としている。計算で用いる大容量のデータを分散して保存し、それに対するアクセスを効率よく行うために、MPI-2 で実装されている片側通信機構を用いてコーディングを行っている。作成中のコードとペタスケールインターコネクト技術開発プロジェクトで開発された性能評...価ツールなどを用いたベンチマークテストの結果や、通信コストを推定した結果から、データの分散保存を行った並列 FMO コードが、通信コストの面で、超並列計算機でも効率よく動作することが確認できた。
The fragment molecular orbital (FMO) method is one of the promising technique to calculate the electronic structure of large-scale molecules such as proteins and DNAs, and it is suitable for parallel processing. Considering the effective execution of FMO program on massively parallel computers, it is desired to store the density matrix data appearing in FMO calculation in distributed manner. We've been trying to implement the FMO program with the distributed density matrix storage using the one-sided communication functionality in MPI-2 standard. The results of benchmark test using the intermediate code showed that the FMO program with the distributed density matrix storage is more effective than one with non-distributed storage in massively parallel execution.show more
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