close
1.
助成・補助金
Kyushu Univ. Production 九州大学成果文献
Cover image of 遺伝子空間的転写モデルに基づいたCYP3A4代謝活性の個人差解明とその臨床展開
家入 一郎
研究期間: 2011-2013
本文を見る:
概要: CYP3A4遺伝子のDNAメチル化領域の転写への影響とCYP3A4遺伝子発現メカニズムを空間転写モデルに基づき明らかにすることを目的とした。1.HepG2細胞を5-aza-dCまたはTrichostatin A (TSA)処理した。CYP3A4および転写に関与する複数の転写因子の発現量をreal-time PCR法により測定した結果、脱メチル化により、転写因子の発現上昇を伴わずにCYP3A遺伝子の発現増加を見た。2.CYP3A4発現量との間に強い相関を認めたCpGアイランド(CpGI)とその前後のCpG領域を含むベクター(VC)を作成し転写活性への影響を評価した。各VCにはCYP3A4転写開始点近傍約2kbpの領域を含めた。その結果、CYP3A4発現量と相関を認めたCpGIを含むVCにおいてのみTSA存在下で転写活性の上昇を見た(約34倍)。3.5Mbp離れたCpGIとCYP3A4遺伝子の空間的距離を明らかにするため、CYP3A4mRNA発現量が既知のヒト肝臓検体で3C解析を行った。その結果、CpGIとCYP3A4遺伝子、その2kbp上流域において近接効果を認め、発現量の高い肝臓検体では、低い検体と比べ有意に高い結合頻度を示した。以上の結果より、脱メチル化によるCYP3A4発現上昇は、CYP3A4遺伝子自体の脱メチル化に起因すること。レポーターアッセイの結果より、ヒト肝臓においてCYP3A4発現量と相関を認めたCpGIの重要性が示唆された。同領域は3C解析により立体的にCYP3A4遺伝子に近傍し、相互作用を行っていることが示唆された。発現量の高い検体程、CpGIがCYP3A4遺伝子に立体的に近づいていると考えられた。CYP3A4遺伝子発現制御にはエピジェネティック制御機構に基づく空間配置の変化が重要と考えられる。 続きを見る
2.
助成・補助金
Kyushu Univ. Production 九州大学成果文献
Cover image of 定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用 — DEVELOPMENT OF QUANTITATIVE METHODS FOR SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS ANALYSIS AND ITS APPLICATION IN MEDICAL GENETICS
林 健志; HAYASHI Kenshi; 田平 知子 ... [ほか]
研究期間: 2005-2009
本文を見る:
概要: プールDNA を用いた,飛躍的に低コスト且つ信頼出来る疾患遺伝子の関連解析法を開発・確立した.本法はマイクロアレイ法,定量的SSCP法の2段階からなり,これを用いて全身性エリテマトーデスのゲノムワイド関連解析を行い,多数の疾患関連遺伝子を同定した.また,多数の全胞状奇胎のゲノムを解析し,SNPおよびコピー数多型に関する確定ハプロタイプを決定し,日本人ゲノムの連鎖不平衡構造の情報基盤を「D-HaploDB」として公開した. 続きを見る
3.
助成・補助金
Kyushu Univ. Production 九州大学成果文献
Cover image of 染色体ドメインレベルでDNAメチル化・クロマチン構造を解析する方法の開発と応用 — Development and application of a method to study DNA methylation and chromatin structure at the chromosome domain level
佐々木 裕之 ; SASAKI Hiroyuki
研究期間: 1994-1995
本文を見る:
概要: フィールドインバージョン電気泳動(FIGE)による広領域DNaseI感受性試験法を開発して、マウス7番染色体のIns2/Igf2/H19遺伝子領域の解析を行い、この方法の有効性を確かめた。すなわち胎児細胞核を材料として上記領域のうち合計100kb近くをスキャンし、その結果新たに3つのDNaseI高感受性部位のクラスターを発見することができた。これらの存在を確認するため従来の方法による解析を行ったところ、大部分の高感受性部位は恒常的にどの細胞でも見られるもので、いくつかの部位は胎児期の細胞に特異的であることが分かった。このことは本法が高感受性部位を同定するのに信頼性の高い方法であることを示している。以上の詳細についてはさらに成果を蓄積後投稿の予定である。一方DNAのメチル化状態についても、メチル化感受性制限酵素HpaIIやHhaIによる部分消化とFIGEを組み合わせ、大きなゲノム領域(25kb以上)を解析できることが分かった。さらにこの方法によりCpGアイランドがHpaIIやHhalサイトのクラスターとして検出できることを、マウス・ヒトの種々のゲノム断片をもつファージ・コスミド・P1クローンを用いて示した。この場合最大85kbまで一時に解析できることが分かった。これらメチル化解析・CpGアイランド検出については研究協力者の修士論文として発表したが、現在雑誌への投稿を準備中である。以上から本研究の目的であるドメインレベル(数十kb以上)のメチル化・クロマチン解析法を開発することができた。今後さらに改良を加えるとともに、染色体ドメイン構築研究への応用を進めたい。 続きを見る
4.
助成・補助金
Kyushu Univ. Production 九州大学成果文献
Cover image of ゲノム刷込み領域の構造特性と疾患遺伝子の探索
佐々木 裕之
研究期間: 1998-1999
本文を見る:
概要: ゲノム刷り込みを受ける遺伝子がクラスターとして存在するマウス7F4/F5領域はヒト11p15.5領域とシンテニーをなし、Beckwith-Wiedemann症候群、各種小児癌などの刷り込み関連疾患の責任座位を含んでいる。本研究では、ゲノム刷り込み領域の構造特性を明らかにし、疾患関連刷り込み遺伝子を単離するため、当該領域のゲノム解析を行っている。平成10年度はゲノム構造解析の最終段階に入り、以下の成果を得た。 (i)まずマウスの当該領域およそ1MbをカバーするYAC、BAC、コスミドクローンの整列化を完成させ、その物理地図を作成した。得られた整列化BACクローンをショットガン法でシークエンスし、配列のギャップを閉じる最終作業に入った。(ii)ヒトとマウスの配列比較によりH19遺伝子の下流に合計10箇所の保存された領域を同定し、トランスジェニックマウス作成によりそのうち7つが組織特異的エンハンサーであることを示した。(iii)遺伝子のマーカーであるCpGアイランド同定する簡便な方法を開発し、この方法を当該領域に適用して、5つの新規遺伝子候補領域を同定した。今後は得られた配列情報を整理し、制御配列同定と新奇刷り込み遺伝子同定の最終作業に入る。 続きを見る