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1.
助成・補助金
Kyushu Univ. Production 九州大学成果文献
Cover image of ゲノム刷込み領域の構造特性と疾患遺伝子の探索
佐々木 裕之
研究期間: 1998-1999
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概要: ゲノム刷り込みを受ける遺伝子がクラスターとして存在するマウス7F4/F5領域はヒト11p15.5領域とシンテニーをなし、Beckwith-Wiedemann症候群、各種小児癌などの刷り込み関連疾患の責任座位を含んでいる。本研究では、ゲノム刷り込み領域の構造特性を明らかにし、疾患関連刷り込み遺伝子を単離するため、当該領域のゲノム解析を行っている。平成10年度はゲノム構造解析の最終段階に入り、以下の成果を得た。 (i)まずマウスの当該領域およそ1MbをカバーするYAC、BAC、コスミドクローンの整列化を完成させ、その物理地図を作成した。得られた整列化BACクローンをショットガン法でシークエンスし、配列のギャップを閉じる最終作業に入った。(ii)ヒトとマウスの配列比較によりH19遺伝子の下流に合計10箇所の保存された領域を同定し、トランスジェニックマウス作成によりそのうち7つが組織特異的エンハンサーであることを示した。(iii)遺伝子のマーカーであるCpGアイランド同定する簡便な方法を開発し、この方法を当該領域に適用して、5つの新規遺伝子候補領域を同定した。今後は得られた配列情報を整理し、制御配列同定と新奇刷り込み遺伝子同定の最終作業に入る。 続きを見る
2.
助成・補助金
Kyushu Univ. Production 九州大学成果文献
Cover image of 遺伝子発現を基盤とする病態機序の解明法の開発 — Development of pathogenesis-analyzing methods-based on gene expression profiles
大久保 公策 ; OKUBO Kousaku
研究期間: 2000-2004
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概要: 解釈の仕組みBOB構築 BOBはあらゆる分野の専門的な文書を内容に基づいて高次元に構造化する方法であり、また文書内容を直感的に理解可能に表現するための方法である。論文アブストラクトはいうまでもなく、遺伝子、蛋白質、薬品、疾患など基礎医学を構成する概念の機能や特徴は様々な形でサマリーや関連文献集としてまとめられている。したがってこれらを利用することで遺伝子機能、薬品効能、疾患症状すべてがBOBでの構造化や表現の対象となる。ひとたび内容に形が与えられればマイクロアレイデータの解釈から文献検索結果の複数の文献のアドホックなクラスター化、ゲノム座標と特定の疾患の関係の表現などその様々な応用が期待できる。 ESTを自動的に組織別に分類する仕組み ESTは700万を超える件数の多さや絶対量に関する情報を与えるなどの利点から発現データとして再度注目されている。このESTを発現情報として利用するためには個別エントリーをライブラリ単位にかため各ライブラリのRNA情報を読み解いて臓器や細胞単位に分類する作業が必要である。NCBIに用意されているUniLiB情報に頼らずにこれが行える仕組みを作成して常に最新のdbESTを遺伝子x臓器のBodyMapフォーマットに整理公開できるようにした。具体的には、1.エントリーの様式をもとに同じ登録者の同時登録を判別しライブラリ単位にまとめる。2.臓器オントロジーとも呼べる臓器細胞名称および形容詞の辞書を作成し、エントリ中の特定フィールドの記述中にある用語を40の基本臓器名称にマップする。3.この40の基本臓器の特徴表を作成し自由にライブラリが離散会合できる。の3つの要素機能を作成した。 続きを見る